Υλοποίηση ερευνητικού προγράμματος στα Λοιμώδη Νοσήματα του Αναπνευστικού, στο πλαίσιο της Δράσης «Εμβληματικές δράσεις σε διαθεματικές επιστημονικές περιοχές με ειδικό ενδιαφέρον για την σύνδεση με τον παραγωγικό ιστό» ID 16618 κωδικός ΟΠΣ ΤΑ 5149305

Μια πανελλαδική Εμβληματική Δράση στα λοιμώδη νοσήματα του αναπνευστικού (πνευμονίες) ξεκινά να υλοποιείται από το ΕΚΠΑ, το Πανεπιστήμιο Κρήτης, το Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ, το ΕΚΕΒΕ «Αλ. Φλέμινγκ», το ΑΠΘ και το Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο. Περισσότεροι από 70 επιστήμονες από τα έξι ιδρύματα θα κληθούν να μελετήσουν τους μηχανισμούς δημιουργίας των σοβαρών λοιμώξεων του αναπνευστικού και των επιπλοκών της με στόχο την έγκαιρη πρόληψη και καλύτερη αντιμετώπιση τους, δημιουργώντας μια από τις  πιο ολοκληρωμένες ομάδες μελέτης του νοσήματος σε παγκόσμιο επίπεδο.

Οι πνευμονίες αποτελούν την πρώτη αιτία θανάτου από λοιμώδη αίτια παγκοσμίως. Μια από τις σημαντικότερες επιπλοκές της σοβαρής πνευμονίας είναι οι λοιμώξεις του πνεύμονα από ευκαιριακά παθογόνα, όπως οι μύκητες. Αυτές οι δευτερογενείς λοιμώξεις εμφανίζονται συχνά σε νοσηλευόμενους με σοβαρή πνευμονία από γρίπη και COVID-19 καθώς και σε ανοσοκατασταλμένους αιματολογικούς ασθενείς, αλλά οι μηχανισμοί που είναι υπεύθυνοι για την εμφάνιση τους παραμένουν άγνωστοι.

Η Εμβληματική Δράση με τίτλο «Ολιστική μοριακή προσέγγιση των μηχανισμών ανοσολογικής βλάβης σε ασθενείς με σοβαρή πνευμονία, με στόχο την ανάπτυξη εξατομικευμένων βιοδεικτών και καινοτόμων μοντέλων πρόγνωσης και πρόληψης επιπλοκών» στοχεύει στην ολιστική κατανόηση των μηχανισμών παθογένεσης της πνευμονίας και των επιπλοκών της.

Οι συμμετέχοντες ερευνητές θα χαρτογραφήσουν τους μηχανισμούς που οδηγούν στην ανοσολογική βλάβη σε ασθενείς με σοβαρή πνευμονία χρησιμοποιώντας τις πιο σύγχρονες τεχνολογίες στην βιολογία και την γενετική σε συνδυασμό με μοντέλα μηχανικής μάθησης με στόχο την ανάπτυξη καινοτόμων εφαρμογών για την έγκαιρη πρόγνωση και πρόληψη των λοιμωδών επιπλοκών της. Το έργο συμπληρώνεται από επιδημιολογικές και φαρμακογενετικές μελέτες σε Έλληνες ασθενείς για την καλύτερη εφαρμογή αντιμικροβιακών θεραπειών. Παράλληλα η εμβληματική δράση θα δημιουργήσει μια πολύτιμη συλλογή βιολογικών δειγμάτων, μοριακών, ανοσολογικών, μικροβιολογικών και κλινικών δεδομένων ασθενών με πνευμονία, μικροβιακών στελεχών και οργανοειδών πνεύμονα, που θα επιτρέπει την ανάπτυξη υψηλού επιπέδου εφαρμοσμένης και βασικής έρευνας στις λοιμώξεις του αναπνευστικού.

Οι Ενότητες Εργασίας και τα Πακέτα Εργασίας που θα υλοποιηθούν στο πλαίσιο του ενισχυόμενου έργου είναι τα ακόλουθα:

• ΕΕ1: Οργάνωση και Συντονισμός της Σύμπραξης PRO-ScapE
  • Π1.1       Θεσμοθέτηση διαδικασιών ίδρυσης, οργάνωσης, διαχείρισης και επέκτασης της Βιολογικής Συλλογής Δειγμάτων και του Ερευνητικού Έργου της Δράσης
  • Π1.2       Αναλυτική περιγραφή των κλινικών πρωτοκόλλων και των διαδικασιών διαχείρισης κλινικών δεδομένων και επεξεργασίας δειγμάτων ασθενών
  • Π1.3       Οργάνωση συναντήσεων του Δικτύου
  • Π1.4       Αναφορές

• ΕΕ2: Κλινικές Μελέτες
  • Π2.1       Ένταξη ασθενών και μαρτύρων στην μελέτη.
  • Π2.2       Προτυποποίηση μεθοδολογίας βρογχοσκόπησης και δειγματοληψίας
  • Π2.3       Δημοσιεύσεις

• ΕΕ3: Οργάνωση Συλλογής Βιολογικών Δειγμάτων και Βιο-κλινικών Δεδομένων
  • Π3.1       Σχεδιασμός και υλοποίηση της βάσης δεδομένων
  • Π3.2       Σχεδιασμός, υλοποίηση και επιβεβαίωση της ασφάλειας της Τράπεζας δεδομένων
  • Π3.3       Δημιουργία βιοτράπεζας κλινικών δειγμάτων
  • Π3.4       Επιμέλεια καλής λειτουργίας των υποδομών

• ΕΕ4: Μοριακές αναλύσεις μεγάλης κλίμακας (Multi-OMICs) σε υλικό από ασθενείς από τις προοπτικές κλινικές μελέτες sCAP και πνευμονική υφομυκητίαση σε αιματολογικούς ασθενείς
  • Π4.1       Ανάλυση γονιδιωματικής έκφρασης κυττάρων στον πνεύμονα.
  • Π4.2       Ανάλυση επιγενετικής ρύθμισης της έκφρασης σημαντικών ανοσολογικών μονοπατιών
  • Π4.3       Ανάλυση ανοσολογικού προφίλ σε βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα ασθενών με σοβαρή πνευμονία
  • Π4.4       Μεταβολικό προφίλ ανοσολογικών κυττάρων πνεύμονα και περιφερικού αίματος
  • Π4.5       Στοχευμένη μεταβολωμική ανάλυση σε βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα, κύτταρα του πνεύμονα και ορό
  • Π4.6       Στοχευμένη πρωτεομική ανάλυση σε βρογχοκυψελιδικό υγρό
  • Π4.7       Ανάλυση μοριακού προφιλ μικροβιακών κοινοτήτων του αναπνευστικού
  • Π4.8       Απομόνωση και λειτουργική ταυτοποίηση των αντιπροσωπευτικών στελεχών μικροβίων
  • Π4.9       Καλλιέργεια και απομόνωση ιογενών αιτίων πνευμονίας της κοινότητας

• ΕΕ5: Λειτουργικές δοκιμασίες σταδιοποίησης της «ανοσοπαράλυσης»
  • Π5.1       Σταδιοποίηση ανοσοπαράλυσης μακροφάγων του πνεύμονα
  • Π5.2       Σταδιοποίηση ανοσοπαράλυσης ουδετεροφίλων

• ΕΕ6: Μελέτη των μοριακών μηχανισμών δυσλειτουργίας των μακροφάγων
  • Π6.1       Αναφορά αποτελεσμάτων αλληλούχησης μοναδιαίων κυττάρων (Single-Cell RNAseq) ανάλυση σε επιλεγμένους ασθενείς
  • Π6.2       Ενδογενείς μηχανισμοί ανοσοπαράλυσης των κυψελιδικών μακροφάγων
  • Π6.3       In vivo επιβεβαίωση των μοριακών μηχανισμών σε πειραματικά μοντέλα πνευμονικών μυκητιάσεων
  • Π6.4       Εξωγενείς μηχανισμοί ανοσοπαράλυσης των μακροφάγων

• ΕΕ7: Ανάπτυξη μοντέλων οργανοειδών πνεύμονα για την ολιστική μελέτη των μηχανισμών επιθηλιακής βλάβης και επούλωσης στην πνευμονία
  • Π7.1       Μοναδική συλλογή οργανοειδών από επιθηλιακά κύτταρα υγειών και ασθενών με πνευμονία

• ΕΕ8: Βιοδείκτες και Προγνωστικά μοντέλα μηχανικής μάθησης
  • Π8.1       Νέοι προγνωστικοί/προβλεπτικοί βιοδείκτες ανοσοπαράλυσης των μακροφάγων
  • Π8.2       Σύστημα αυτόματου συμπερασμού για την κατηγοριοποίηση των ασθενών με sCAP σε ομάδες κινδύνου
  • Π8.3       Εφαρμογή του συστήματος αυτόματου συμπερασμού για τη σταδιοποίηση κινδύνου σε υποομάδες αιματολογικών ασθενών

• ΕΕ9: Δραστηριότητες διάχυσης και δημοσιότητας
  • Π9.1       Παρουσίαση του έργου μέσω ηλεκτρονικών μέσων.
  • Π9.2       Συμμετοχή σε τουλάχιστον δύο επιστημονικές εκδηλώσεις για το ευρύ κοινό
  • Π9.3       Δημοσίευση των αποτελεσμάτων του έργου σε επιστημονικά περιοδικά μεγάλης εμβέλειας

Συντονιστής του έργου είναι ο κ. Μελέτιος Αθανάσιος Δημόπουλος, Καθηγητής Αιματολογίας-Ογκολογίας και Διευθυντής της Θεραπευτικής Κλινικής της Ιατρικής Σχολής του ΕΚΠΑ, και επιστημονικοί υπεύθυνοι οι κ. Γιώργος Χαμηλός, Καθηγητής Κλινικής Μικροβιολογίας και Μικροβιακής Παθογένεσης στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης και κ. Αριστείδης Ηλιόπουλος, Καθηγητής Βιολογίας & Γενετικής και Διευθυντής του Εργαστηρίου Βιολογίας στην Ιατρική Σχολή του ΕΚΠΑ.

Η Δημόσια Δαπάνη του έργου με τίτλο «Ολιστική μοριακή προσέγγιση των μηχανισμών ανοσολογικής βλάβης σε ασθενείς με σοβαρή πνευμονία, με στόχο την ανάπτυξη εξατομικευμένων βιοδεικτών και καινοτόμων μοντέλων πρόγνωσης και πρόληψης επιπλοκών» και Κωδικό Πράξης TAEDR-0541976 ανέρχεται σε ποσό ύψους 4.723.050,00 ευρώ και συγχρηματοδοτείται από πόρους του Ταμείου Ανάκαμψης και Ανθεκτικότητας και το Ελληνικό Δημόσιο, στο πλαίσιο της Δράσης «Εμβληματικές δράσεις σε διαθεματικές επιστημονικές περιοχές με ειδικό ενδιαφέρον για την σύνδεση με τον παραγωγικό ιστό», ID 16618, με κωδικό ΟΠΣ ΤΑ 5149305 από το Εθνικό Σχέδιο Ανάκαμψης και Ανθεκτικότητας (Ελλάδα 2.0).

Τα τελικά αποτελέσματα  του ενισχυόμενου έργου αναμένεται να δημοσιευτούν στα τέλη του 2025 και θα είναι διαθέσιμα δωρεάν για όλες τις επιχειρήσεις, ενώ θα παραμείνουν διαθέσιμα στο διαδίκτυο για περίοδο τουλάχιστον 5 ετών, η οποία αρχίζει από την ημερομηνία λήξης του έργου.