Αξιολόγηση της αξιοπιστίας των αναλύσεων RT-PCR για την ανίχνευση υπομεταλλάξεων του SARS-CoV-2

Η πανδημία του Σοβαρού Οξέος Αναπνευστικού Συνδρόμου Covid-19 έχει υπογραμμίσει τη σημασία για τη σωστή διαδικασία προσυμπτωματικού ελέγχου. Οι Ιατροί της Θεραπευτικής Κλινικής της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών Θεοδώρα Ψαλτοπούλου, Ροδάνθη Ελένη Συρίγου, Γιάννης Ντάνασης, Πάνος Μαλανδράκης, και Θάνος Δημόπουλος (Πρύτανης ΕΚΠΑ) συνοψίζουν τα δεδομένα της πρόσφατης δημοσίευσης του Gilmar Reis και συνεργατών στην έγκριτη επιστημονική επιθεώρηση Nature με θέμα την αξιολόγηση της αξιοπιστίας των αναλύσεων RT-PCR για την ανίχνευση υπομεταλλάξεων του SARS-CoV-2. Η αποτελεσματικότητα ανίχνευσης των πρόσφατων ανησυχητικών υπομεταλλάξεων του στελέχους Όμικρον παρατηρήθηκε συγκρίνοντας 5 εμπορικά κιτ αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης αντίστροφης μεταγραφής RT-PCR και μια μέθοδο SYBR-green που αναπτύχθηκε και επικυρώθηκε στο εργαστήριο των ερευνητών. Το RNA εξήχθη από ρινοφαρυγγικά δείγματα από ύποπτους ασθενείς με COVID-19 και πραγματοποιήθηκε ανάλυση RT-PCR σύμφωνα με τις οδηγίες των αντίστοιχων κατασκευαστών. Η ειδικότητα και η ευαισθησία για το κιτ Maccura ήταν 81,8% και 82,5%, για το κιτ A*Star ήταν 100% και 75,4%, για το κιτ Da An Gene ήταν 100% και 68,4%, για το κιτ Sansure ήταν 54,5% και 91,2% και για το κιτ TaqPath ήταν 100% και 70,2% αντίστοιχα. Η εσωτερική μέθοδος του εργαστηρίου SYBR-Green έδειξε ένα σταθερό αποτέλεσμα ανίχνευσης με 90,9% ειδικότητα και 91,2% ευαισθησία. Βρέθηκε επίσης ότι τα κιτ ανίχνευσης που στόχευαν περισσότερα γονίδια έδειξαν καλύτερη ακρίβεια που οδηγεί σε λιγότερα ψευδώς θετικά αποτελέσματα (< 20%). Η μελέτη αυτή ανέδειξε μια στατιστικά σημαντική διαφορά στην τιμή Ct (αριθμός κύκλων θετικότητας) για κοινά γονίδια στόχους που υπάρχουν  στα κιτ RT-PCR COVID-19 σε σχέση με διαφορετικές υπομεταλλάξεις του SARS-CoV-2. Τα πρόσφατα στελέχη ανησυχίας περιέχουν περισσότερες από 30 μεταλλάξεις στην πρωτεΐνη ακίδα, συμπεριλαμβανομένων 2 μεταλλαγών διαγραφής και μιας μοναδικής μετάλλαξης εισαγωγής με την οποία καθιστά δύσκολη την ανίχνευση αυτών των παραλλαγών και διευκολύνει τις παραλλαγές να διαφύγουν από την ανίχνευση.